Som selvejende, har Stefanshjemmet en bestyrelse. Bestyrelsen vælges af de kredse, der i sin tid stod bag oprettelsen af Stefanshjemmet. Desuden er Aarhus Kommune repræsenteret i bestyrelsen.
Forstander for Stefanshjemmet er sekretær og medarbejderne har en observatør ved bestyrelsesmøderne.
Bestyrelsen består af følgende medlemmer:
Udpeget af Diakonhøjskolen i Aarhus:
Jens Maibom Pedersen (formand).
Bent Ulrikkeholm (næstformand).
Udpeget af Stefanshjemmets bestyrelse:
Peter Vestergaard Rasmussen.
Pia Thomasen
"Åbent"
Udpeget af Kirkelig Forening for Indre Mission i Danmark:
Inger Feldtmose Jørgensen.
Udpeget af Menighedsplejerne i Sct. Pauls Sogn:
Merete Gregersen.
Udpeget af Aarhus Kommunes Byråd:
Allan Rye Lyngs
Udpeget af Danske Handicaporganisationer:
Jette Sloth.
Sekretær:
Forstander, Erik Morten Jensen, Stefanshjemmet.
Medarbejderobservatør:
Hanne M. Gjesing, Stefanshjemmet.
